有六大因素可能影响饲料安全。
1 虫害鼠害
虫害可造成饲料营养损失，或在饲料中留下毒素。在温度适宜、湿度较大的情况下螨类对饲料危害较大。鼠害不仅会造成饲料损失，还会造成饲料污染，传播疾病。
2 微生物污染
饲料滋生黄曲霉菌。青霉菌、赤霉菌和镰刀霉菌等有害微生物，会产生黄曲霉毒素、亦霉毒素、赤霉烯酮等对畜禽有害的毒素。其中黄曲霉毒素的毒性最强。
3 抗营养因子
饲料中的抗营养因子主要有蛋白酶抑制因子。碳水化合物抑制因子、矿物元素生物有效性抑制因子、拮抗维生素作用因子、刺激动物免疫系统作用因子等。它们的存在会干扰畜禽对饲料养分的消化、吸收和利用。
4 有害化学物质
主要包括农药污染、工业“三废”污染、营养性矿物质添加剂污染等三类有害化学物质。
5 非营养性添加剂污染
抗生素、激素、抗氧化剂、防霉剂和镇静剂的使用，对预防疾病、提高饲料利用率和生长速度有很大作用，但若不严格遵守使用原则和控制使用对象、安全用量及停药时间，药物及其代谢产物就会在肉、蛋、奶中残留，并通过畜禽排泄物污染环境。
6 加工过程中产生的毒物及交叉污染
加工工艺控制不当，饲料中成分复杂的添加剂在粉碎、输送、混合、制粒、膨化等特殊的加工过程中会发生降解反应、氧化还原反应，生成一些复杂的化合物。这一方面会降低饲料有效成分的效价，另一方面会产生有害物质。此外，饲料生产过程中的时杂污染也是影响饲料卫生质量的一个重要因素。在饲料加工过程中尤其是在饲料加药生产过程中要注意清扫设备，避免药物在输送及混合过程中分解和残留。
